Velkommen tilbage til Fugleøen - en fredfyldt og lykkelig ø - takket være Red, Bomb og Chuck, som reddede alle deres fuglevenner og deres uudklækkede æg fra de stinkende grise og deres lumske konge Leonard.
Nu drejer kampen mellem Fugleøen og Griseøen sig mest om at gå hinanden på nerverne, og det ser ikke ud til, at striden slutter lige foreløbig. Mens grisene og fuglene udsætter hinanden for den ene mere udspekulerede prank efter hinanden, dukker der pludselig en ny og meget virkelig fjende op! En ørn ved navn Zeta har besluttet sig for at gøre alt i sin magt for overtage deres øer. Nu må Red, Bomb og Chuck samarbejde - med kong Leonard! Sammen danner de et hold, som drager til Ørneøen for at stoppe Zetas onde planer. Men hvordan skal nogle grise og fugle lykkes med at stoppe en hel hær af ørne?
