После окончания ЭМА, как правило, появляются боли внизу живота, которые требуют тщательного обезболивания. Для этого разработана специальная схема: прием обезболивающих препаратов начинается заранее, при этом используются препараты, влияющие на все механизмы формирования боли. При таком подходе болевой синдром после ЭМА умеренный и не вызывает эмоционального дискомфорта. Чаще всего боль длится первые 6–9 часов после окончания процедуры, но может быть и отсроченной.