Возглавлял лабораторию в Колд-Спринг-Харборе в Нью-Йорке с 1968 по 1993 год, в настоящее время является ее почетным канцлером. Был первым директором Национального центра исследования генома человека при Национальных институтах здравоохранения с 1989 по 1992 год, является членом Национальной академии наук и Королевского общества. Уотсон получил Президентскую медаль Свободы, Национальную научную медаль США, а в 1962 году — Нобелевскую премию по физиологии или медицине совместно с Фрэнсисом Криком и Морисом Уилкинсом.
