Under et halvmaraton i det sydlige Florida besvimer danske Emil og mister fragmenter af sin hukommelse. Værst for ham er, at han ikke husker, hvordan han mødte sin kone, Louise. I sin følgende søgen efter identitet bliver han af sin ufuldkomne hukommelse ført vidt omkring blandt tidligere forhold på en indre og ydre rejse. Men hvor vil rejsen føre ham hen?
Nøgen hukommelse er en fortælling om en ung mand, der med sin lille familie er udstationeret i det sydlige USA. Om sol og palmer, om delfiner og strand, om lidenskab og kriser.