Ved Retten I Lyngbys dom af 12. juni 2009 blev Stein Bagger efter en hurtigt afviklet tilståelsessag straffet med fængsel i syv år for særdeles omfattende dokumentfalsk og bedrageri. At straffen, som udmålingsmæssigt er blandt de længste i Danmark for økonomisk kriminalitet, alligevel ikke blev strengere skyldtes ifølge dommens konklusion, at: «Stein Bagger o et ekstraordinært omfang har medvirket til sagens opklaring, således at sagen uanset sit betydelige omfang har kunnet fremmes til dom inden for syv måneder efter anmeldelsen til politiet. Det er videre tillagt betydning, at Stein Bagger er fremkommet med oplysninger, der er afgørende for opklaringen af strafbare handlinger begået af andre.»
