Pero el gobierno fuerte mostró su debilidad, hubo varias revueltas militares y en Bogotá un grupo de jóvenes abogados y estudiantes preparó un golpe y atacó, el 25 de septiembre, el Palacio de San Carlos, sede de la presidencia. Bolívar se escapó gracias a Manuelita Sáenz, su pareja, que entretuvo a los conjurados mientras Bolívar saltaba por una ventana. Varios de los participantes fueron juzgados y condenados a muerte, aunque algunos, como Mariano Ospina Rodríguez, lograron escapar.