Alif er sammen med flere andre børn blevet taget til fange af Folket, der lever på Den Anden Side. Folket består udelukkende af voksne, der har mistet evnen til at elske, og hvor der i Alifs verden ikke længere findes nogen voksne, findes der blandt Folket ingen børn. I de mørke grotter holdes de kidnappede børn fanget, og de lange, ensomme dage afbrydes kun af korte besøg hos Mor-damer, der med døde øjne og hårde hænder fortvivlet forsøger at lege med de skrækslagne børn.
Alif plages af drømme om sine venner tilbage i Krematoriet, og han rammes af tvivl. Er han virkelig Drengen, som kan stoppe ulvene og sovesygen, der tog livet af alle de voksne tilbage i hans egen verden? Og kan han redde børnene fra grotterne? Alif føler sig ikke som en helt, og han kan i hvert fald ikke gøre det alene. Heldigvis møder han to andre børn i grotterne, og sammen lægger de en plan, så de kan flygte og finde vej tilbage til deres egen verden.
Børnene fra grotterne er opfølgeren til Drengen fra Krematorium D — andet bind i den dystopiske spændingsserie Den døde By.
