Snigmorderens lærling er en stor fortælling om et rige truet af stærke kræfter udefra og svækket af interne stridigheder — og om en ung dreng, der må finde sin egen plads og sit eget værd i en verden af intriger og skjulte magtkampe.

En kold vinterdag bliver en seksårig dreng afleveret til kongen af De Seks Hertugdømmers folk med en besked om, at nu er det på tide, at drengens far, kronprins Chivalry, selv tager sig af ham. Drengen får hurtigt kaldenavnet Fitz og bliver sat til at hjælpe til i kongens stalde ved hoffet i Bukkenborg. En bastard kan dog udgøre en potentiel trussel for rigets sikkerhed, så derfor beslutter den gamle kong Shrewd at købe drengens troskab og tage ham under sine vinger.

Fitz installeres nu i selve inderborgen, hvor han i det skjulte oplæres til kongelig snigmorder og lærer at bruge Farseer-slægtens særlige evner. Inden længe bliver han også sendt på hemmelige missioner for kongen, som har brug for Fitz i kampen mod Rødskibspiraterne, der truer riget. Hvad Fitz dog ikke ved, er, at der tæt på kongen befinder sig magtfulde kræfter, som gerne ser den unge dreng ryddet af vejen.