Matrix og ulydighedens evangelium er en rejse i Matrix-universet, der ser nærmere på, hvor film-trilogiens underliggende lag fører hen. Filmenes symboler og referencer afkodes element for element, og bogen gennemgår en række forskellige bud på, hvad meningen egentlig kan være med de mange mysterier og paradokser, som har fængslet biografgængere verden over.